Para el mejor desarrollo de las actividades, AIPRAL organiza su trabajo a través de Departamentos. Son ellos los que organizan cursos de capacitación, encuentros de reflexión, consultas, intercambios y publicaciones. Las y los responsables de los Departamentos realizan esta actividad en forma voluntaria.
• la búsqueda de la renovación espiritual y litúrgico-musical a la luz de la teología reformada, • la unidad en la misión y ecumenicidad.