AIPRAL como región o concilio de área de la Alianza Reformada Mundial (ARM) se reúne en Asamblea General cada cuatro años. La Asamblea General se constituye con los delegados oficiales nombrados por las Iglesias miembros.

Cada Iglesia miembro tiene derecho a estar representada ante la Asamblea General de AIPRAL por dos y hasta cuatro delegados oficiales (proporcional de acuerdo a la membresía de cada Iglesia), con derecho a voz y voto, pudiendo así mismo enviar delegados adicionales en calidad de delegados fraternales, con derecho a voz pero no a voto.

La Asamblea General tiene la autoridad de:

• definir las líneas generales de actuación y velar por su observancia;
• establecer planes y programas de acuerdo con los propósitos de la Alianza;
• elegir a los miembros del Comité Ejecutivo, los Departamentos y otros Comités; adoptar y enmendar la Constitución y los Reglamentos;
• evaluar el trabajo del Comité Ejecutivo;
• recibir nuevas Iglesias miembros;
• aprobar el presupuesto de funcionamiento;
• estudiar todas las cuestiones que les sean sometidas por sus Iglesias miembros; supervisar la marcha de los asuntos de la Alianza.
+ Ver estatuto de Aipral

La Asamblea General elige y nombra a su propia Mesa Ejecutiva, la cual estará constituida por: Presidente, Vicepresidente, Secretario de Actas, Tesorero y Secretario Ejecutivo (ex oficio). Además, elige y designa a los Directores de los Departamentos quienes junto con la Mesa Ejecutiva conforman el Comité Ejecutivo de AIPRAL.

El Comité Ejecutivo se reúne una vez al año, en lugar y fecha que el mismo Comité determine. El objetivo general de su tarea para el período 2007–2010 ha sido definido de la siguiente manera:

Fortalecer la comunión de fe reformada latinoamericana y caribeña, creando espacios para compartir las experiencias, la formación bíblico-teológica y social reafirmando el compromiso y testimonio cristiano relacionado con:

• la alianza por la justicia económica en la tierra facilitando a las Iglesias Reformadas el testimonio a favor de la justicia y la paz.
• la búsqueda de la renovación espiritual y litúrgico-musical a la luz de la teología reformada respetando la diversidad cultural,
generacional de idioma y de género.
• la unidad en la misión y ecumenicidad, la comunicación y la tolerancia.

• Biblia y Teología
• Cooperación y Testimonio
• Finanzas
• Jóvenes
• Misión y Evangelización
• Mujeres

1. la alianza por la justicia económica
2. la búsqueda de la renovación espiritual y litúrgico-musical a la luz de la teología reformada
3. la unidad en la misión y ecumenicidad